409年——414年刘裕北伐灭南燕，收复山东。卢循进攻建康兵败亡身，晋军广州。晋军西征收复益州。
在东晋内乱期间，与东晋接壤的北方胡国趁机蚕食东晋的领土。
后秦连下东晋南乡、顺阳、新野、舞阴等十二郡。
刘裕灭掉桓玄后派人去后秦讲和，要求后秦归还十二郡。
后秦在西线面临南凉北凉的压力，在东线面临北魏的压力，不愿再招惹东晋。刘裕以寡击众打败了桓玄显示出极强的战斗力。后秦皇帝姚兴对刘裕多有敬畏。姚兴同意与东晋化敌为友，归还了新占领的十二郡。
刘裕随后派兵西征，去收复被谯纵占领的巴蜀。
不幸的是，西征军刚攻入巴蜀便发生兵变。西征军的参军杨承祖杀了主将司马荣期，占据巴郡，自封巴郡刺史。第一次西征无疾而终。
刘裕只得组织部队再次西征。西征军杀入巴郡杀死杨承祖。西征军收复巴郡后继续西征，打到距成都还有五百里的地方遇到谯纵军队的顽强抵抗。谯纵军凭借险要的地势阻击晋军。晋军大战六十天不能攻克。军中流行瘟疫，病死的人超过了一半。这仗没法再打下去了，西征军只能撤回。第二次西征又失败了。
两战不利，损兵折将，劳民伤财，刘裕脸上无光。他决定北伐南燕，将功抵过。
南燕趁东晋内乱已经打到淮北，威胁到东晋核心地区。不久前，南燕攻陷了东晋的宿豫，劫掠数千人而去。
409年，刘裕亲率大军出杀奔山东。
南燕皇帝慕容德死了，他的侄子慕容超继位。慕容超非常自信南燕军铁甲骑兵的实力。他得知刘裕出兵后，没有派兵凭险据守而是任敌深入。他在临朐城外选了一处平原，集结重兵静候晋军的到来。他相信这里将是晋军的坟场。五万鲜卑铁蹄将会把晋军步兵碾为齑粉。
晋军隆隆开近。步骑混合方阵的外围是4000辆首尾衔接的战车。
鲜卑铁骑如潮水般冲杀过来。晋军战车如防波提一般将敌人挡在外面。战车上的弓箭手和长矛兵远攻近守使敌人不得近身。偶尔有冲过战车阵的敌兵也被阵内的步兵砍翻在地。
鲜卑人死伤惨重，攻势渐渐疲软下来。这时他们突然发现身后的城头上遍插晋军的旗帜。
原来，晋军料定鲜卑注意力全在城外，城内守军必然不多并且防备松懈，派了一支奇兵悄悄迂回到城后一举攻入。
坐镇临朐指挥的慕容超从城中狼狈逃出，身后紧追不舍的是晋军的士兵。
鲜卑人军心大乱，无心再战，如退潮一般溃败下去。晋军乘胜追击，扫荡残敌。
慕容超逃回都城广固。晋军随踵而至，将广固团团围住。
频临灭亡的南燕向后秦求援。后秦叫人给刘裕带话，告诉刘裕马上撤兵，否则将派十万大军攻打晋军。
刘裕嗤之以鼻：我本想拿下南燕再打后秦，你要等不及了，尽管放马过来受死！
刘裕部下担心激怒后秦腹背受敌。刘裕说放心吧。他要真想打决不会让我们知道。吠狗不咬，咬狗不吠。
果然，后秦正忙于跟叛将赫连勃勃缠斗根本无暇顾及南燕，所谓对晋宣战不过是虚张声势虚言恫吓而已。
赫连勃勃是来自塞外的匈奴人，因为长相俊美被后秦的一个公爵收为女婿。他不愿久居人下，杀了岳父，夺了他的军队，反叛后秦。他自认为匈奴人是夏启的后裔，宣布建立夏国，史称胡夏。他不立都城，不要根据地，游走于后秦北部地区，频频袭击后秦的城镇。姚兴派兵讨伐，被杀得大败而回。从此后秦北方诸城白天都不敢开城门。
向后秦称臣的南凉趁机反叛后秦。
之前被灭国的西秦收拢部众宣布复国。
后秦后院起火根本无暇顾及南燕。不过姚兴碍于情面，派出一万步骑兵，号称十万，进屯洛阳，扬言将增援南燕。随后姚兴亲自率军去打赫连勃勃，结果大败而回。姚兴急调洛阳军队回援长安。
南燕使者张纲从长安返回，半路上被晋军俘获。刘裕让他坐在楼车上向广固城内喊话，声称后秦被赫连勃勃打败，自身难保，无兵来救南燕。南燕将士闻之变色，士气大跌。出城投降东晋的络绎不绝。
张纲心灵手巧，为晋军设计了很多实用的攻城装备。
次年，晋军对广固发动总攻，终于将广固拿下。慕容超战败被俘。南燕从此灭亡。
灭了南燕，东晋的版图恢复到山东、河南。
刘裕准备乘胜讨伐后秦。这时国内传来消息，广州的卢循趁晋军北伐后防空虚北犯建康。
卢循当年南逃，趁广州兵力薄弱攻下了番禹，杀了百姓数万人。朝廷忙于内乱无暇顾及偏远的广州，只能设法诏安，任命卢循为广州刺史。卢循接受招安也只想获得一个喘息的机会。
刘裕北伐期间，卢循建造了大量适合内河航行的舰船，计划北上长江中上游，然后顺江而下进攻建康。
当年孙恩率军从海上进长江逆流而上进攻建康，因为舰队
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